معاونت آموزش علوم پایه و تحصیلات تکمیلی، برنامه ریزی کلیه امور آموزشی و پژوهشی دوره های کارشناسی ارشد (MSc) و دکتری تخصصی (Ph.D) را بر عهده دارد. این معاونت با تدوین سیاست های راهبردی منطبق با اهداف دانشکده و نظارت بر حسن اجرای آن ها برای شکوفایی علوم پایه پزشکی و کاربردی کردن نتایج پژوهش های دانشجویان تحصیلات تکمیلی تلاش می نماید. شورای علوم پایه و تحصیلات تکمیلی این معاونت با حضور نمایندگان تمام گروهای آموزشی علوم پایه، با بهره گیری از خرد جمعی نقش بسزایی در هماهنگی و ارتقای برنامه های آموزشی – پژوهشی ایفا می کند