دوره پزشکی عمومی به عنوان اولین مرحله از تحصیل در رشته پزشکی است. براساس سند چشم انداز دوره پزشکی عمومی دانشگاه، هدف این برنامه تربیت پزشکی است که ضمن پایبندی به اصول اخلاق پزشکی و رفتار حرفه ای و دارا بودن اعتماد به نفس، زیربنای علمی و توانائیهای لازم برای ایفای نقش به عنوان پزشک سطح اول خدمات در نظام سلامت را به طور مستقل دارا باشد.
با توجه به اهمیت ویژه آموزش پزشکی عمومی و نقش آن در نظام سلامت کشور و ضرورت ایجاد بستر مناسب برای اجرای برنامه های آموزشی نوین پزشکی عمومی و تحول در نظام آموزش پزشکی عمومی، این معاونت در نظر دارد با در نظر گرفتن افق آینده و تربیت پزشکی عمومی مجرب گامی موثر در این راستا بردارد.
این معاونت شامل : امور آزمون ها، مرکز مهارت های بالینی ، دفتر استاد راهنما ، واحد اعتبار بخشی و رتبه بندی پزشکی عمومی و اداره آموزش است.